В случае, когда чек отбит, при сторнировании квитанции необходимо произвести возврат средств пациенту, соответственно, через Профиль пациента, необходимо создать документ Возврата средств.
В случае других видов оплат, например, взаиморасчеты, списать деньги с баланса пациента можно через блок Финансы-Взаиморасчеты-Добавить документ. Чтобы списать средства, сумму необходимо указать с минусом.